I. felvonás 

Tamino herceg egy szörnyeteg elõl menekül. Az Éj királynõjének három udvarhölgye megmenti az életét. Papageno, a madarász azt hazudja, hogy õ ölte meg a szörnyet. Az udvarhölgyek büntetésbõl lakatot tesznek a szájára. Taminónak egy képet adnak, mely Paminát, az Éj királynõjének leányát ábrázolja. Tamino azonnal beleszeret a leányba. Amikor meghallja, hogy Paminát elrabolta egy gonosz varázsló, Sarastro, elhatározza, hogy kiszabadítja. Maga az Éj királynõje is megjelenik, és harcra buzdítja. Az udvarhölgyek felszólítják Papagenót, hogy kísérje el Taminót Sarastro várába. Taminónak varázserejû fuvolát, Papagenónak pedig bûvös harangjátékot adnak, és a tudomásukra hozzák: három fiú vezeti majd õket.  

Pamina meg akart szökni Sarastro várából, de Monostatos, a mór elfogta. Papageno jelenik meg. A mór és a madarász annyira megijednek egymástól, hogy elmenekülnek. Majd Papageno visszamerészkedik és elmondja Paminának, hogy Tamino hamarosan kiszabadítja fogságából.  

Taminót a három fiú vezeti Sarastro templomának küszöbéig. Öreg pap lép elé, és felvilágosítja, hogy Sarastro nem gonosz varázsló, hanem a bölcsesség és a jóság fõpapja. A Pamina életéért aggódó Taminót láthatatlan kórus nyugtatja meg. Most boldogan nyúl a varázsfuvolához, melynek hangjára még az erdõ állatai is elõmerészkednek, és táncra perdülnek. A fuvolára Papageno sípja felel. Tamino elsiet, hogy találkozzék vele. A Taminót keresõ Paminát és Papagenót Monostatos elfogja, de a bûvös harangjáték segítségével megmenekülnek. Sarastro vonul be kíséretével. Megbocsátja Paminának a szökési kísérletet, de még nem engedi szabadon. Monostatos ront be Taminóval. Monostatos jutalmat vár éberségéért, de Sarastro 25 botütéssel jutalmazza. A két szerelmes még nem lehet egymásé. Taminót és Papagenót a próbák csarnokába vezetik.  

II. felvonás 

Sarastro kihirdeti papjainak: Tamino aláveti magát a próbáknak, hogy bejusson a választottak közé, és elnyerje Pamina kezét. Imádkozik az istenekhez, hogy segítsék meg a fiatalokat.  

Tamino kész a próbára, de Papageno csak akkor vállalkozik rá, amikor egy hozzáillõ lányt ígérnek neki. Az elsõ próba: a hallgatás. Megjelenik a három hölgy, de Tamino sziklaszilárdan, Papageno pedig kis megingásokkal ellenáll a csábításnak. 

Monostatos csókot szeretne lopni az alvó Paminától. A mórt az Éj királynõje ûzi el, majd tõrt ad leányának, és ráparancsol: ölje meg Sarastrót. Monostatos, aki kihallgatta a szóváltást, megzsarolja Paminát. Megjelenik Sarastro, és elkergeti, Paminát pedig megnyugtatja: nem gondol bosszúra.  

Taminónak és Papagenónak továbbra is hallgatni kell. Egy csúf vén banya vizet hoz Papagenónak, aki szóba elegyedik vele, a nevét kérdi, de a vénség hatalmas dörgés közepette eltûnik. A három fiú visszaadja a fuvolát és a harangjátékot, és ételt-italt hoz. Pamina jön, de mivel Tamino nem szól hozzá, azt hiszi, hogy már nem szereti, és kétségbeesik.  

Isis és Osiris papjai a közeli gyõzelemben bizakodva gyûlnek össze. Bevezetik Taminót, majd Paminát, hogy búcsút vegyenek egymástól. Él bennük a reménység, hogy még viszontlátják egymást. 

Papageno tudomására hozzák, hogy nem juthat a beavatottak közé. Cseppet se bánja, õ csak egy kis bort szeretne. Meg is kapja, és jókedvében játszani kezd a harangjátékon, mire újra megjelenik a csúf vén banya, aki fenyegetésekkel rábírja, hogy vegye feleségül. Mikor beleegyezik, a vénség szép fiatal leánnyá változik át, de azonnal el is tûnik. Pamina az anyjától kapott tõrrel öngyilkosságra készül, de a három fiú megakadályozza. Tamino az utolsó próba, a tûz- és vízpróba elõtt áll. Pamina is vele van, s kettesben indulnak a veszélyes útra. A varázsfuvola segítségével sértetlenül jutnak át a tûzön és a vízen. Megállták a próbákat, várja õket a kiválasztottak gyülekezete és a boldogság.  

Papageno, aki alighogy megtalálta, el is vesztette Papagenát, öngyilkos akar lenni. A három fiú közbelép, és azt tanácsolja, hogy szólaltassa meg a harangjátékot. A bûvös hangokra meg is jelenik Papagena, s végre õk is boldogok lehetnek.  

Az Éj királynõje és három hölgye a hozzájuk csatlakozott Monostatos vezetésével támadásra indul Sarastro vára ellen. Az összeesküvõket villámlás és dörgés közepette elnyeli a föld.  

Sarastro kihirdeti: "Már lángol a napfény, az éj messze tûnt. A nap messze ûzi a földrõl a bûnt". 
Fodor Géza